一、分公司增值税处理
（一）除经省(区、市)财政厅(局)、国家税务局审批同意之外，一般分公司都是单独缴纳增值税的。
汇总缴纳增值税的前提必须是总分支机构均为一般纳税人。根据《财政部国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》(财税〔2012〕9号)规定，固定业户的总分支机构不在同一县(市)，但在同一省(区、市)范围内的，经省(区、市)财政厅(局)、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。省(区、市)财政厅(局)、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
因此，要纳入增值税汇总申报纳税管理，必须得经过省财政厅、省税务局共同核准。
（二）总公司为一般纳税人，分支机构是否必须一般纳税人?
分公司如达到一般纳税人标准需要办理一般纳税人登记，如未达到一般纳税人标准可以不办理一般纳税人登记，与总公司是否为一般纳税人无关。
比如说总公司为一般纳税人，分公司也可以是小规模纳税人，但通常来说，得有一定合理的商业逻辑。
二、分公司是小规模纳税人，是否可以享受“六税两费”优惠?
根据《财政部税务总局关于进一步支持小微企业和个体工商户发展有关税费政策的公告》(财政部 税务总局公告2023年第12号)规定，自2023年1月1日至2027年12月31日，对增值税小规模纳税人、小型微利企业和个体工商户减半征收资源税(不含水资源税)、城市维护建设税、房产税、城镇土地使用税、印花税(不含证券交易印花税)、耕地占用税和教育费附加、地方教育附加。
分公司符合小规模纳税人条件，可以按照小规模纳税人享受“六税两费”减免优惠。
三、分公司的企业所得税处理
（一）汇总计算并缴纳企业所得税
（二）视同独立纳税人
请注意视同独立纳税人的二级分支机构不能适用小型微利企业所得税优惠政策，如果总公司是高新，视同独立纳税人缴纳企业所得税的分公司，也不享受高企优惠税率。
四、汇总纳税企业分配
（一）总公司所在地税务机构分配50%；
（二）如果总公司也是生产经营主体，并且能准确核算营业收入、职工薪酬和资产总额，总公司与其他所有分公司一起参与分配其余50%。
五、有哪些分公司可以不参与分配
(一)不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
(二)上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
(三)新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
(四)当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
(五)汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（六）一些特殊企业分支机构不需要就地预缴企业所得税，而是全额上缴中央国库。
它们分别是国有邮政企业、工行、农行、中行、建行、国开行、农业发展银行、中进出口银行、中国投资有限责任公司、中国建银投资有限责任公司、中国信达资产管理股份有限公司、中石油、中石化、海洋石油天然气企业、长江电力等以及铁路运输企业。
六、汇总纳税企业的分支机构的分摊比例是否可以在年度内进行调整?
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；
三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；
三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30。
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现以下三种情况外，当年不作调整：
(一)当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
(二)汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的，该二级分支机构不视同当年新设立的二级分支机构，按本办法规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
(三)汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构，按规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
七、二级分支机构稽查查补的企业所得税如何缴纳?
二级分支机构所在地主管税务机关应配合总机构所在地主管税务机关对其主管二级分支机构实施税务检查，也可以自行对该二级分支机构实施税务检查。
二级分支机构所在地主管税务机关自行对其主管二级分支机构实施税务检查，可对查实项目按照《中华人民共和国企业所得税法》的规定自行计算查增的应纳税所得额和应纳税额。计算查增的应纳税所得额时，应减除允许弥补的汇总纳税企业以前年度亏损；
对于需由总机构统一计算的税前扣除项目，不得由分支机构自行计算调整。二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库;50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。
特别提醒：汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送经二级分支机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和二级分支机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，二级分支机构也应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
八、总机构检查查补企业所得税是否分摊?
总机构查补所得税款(包括滞纳金、罚款)的50%按照分摊比例，分摊给各分支机构缴纳，各分支机构根据分摊查补税款就地办理缴库；50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库。
对于分摊给各分支机构的50%税款及相应的滞纳金，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例，从而计算出分摊给各分支机构缴纳的税款。某分支机构分摊比例计算公式如下：某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30。
特别提醒：汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和总机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，各分支机构也应向其所在地主管税务机关报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
九、总机构汇算清缴出现多缴企业所得税如何办理退税?
汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内,由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额,扣除总机构和各分支机构已预缴的税款,计算出应缴应退税款,按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款,分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款;预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税。因此，总机构年度汇算清缴出现多缴企业所得税，其中50%由总机构向主管税务机关申请退税、剩余50%按照各分公司分摊的比例，由分支机构向主管税务机关办理退税。
十、总分支机构税率不一样如何计算企业所得税?
《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局2012年第57号公告)第十八条规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按规定的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后、加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按规定的比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税税款。也就是说，如果存在总分公司处在不同税率地区的情况，要分四步计算各自应纳的税款：
1.总公司统一计算全部应纳税所得额；
2.划分不同地区应纳税所得额；
3.按各自税率计税后加总；
4.再次划分不同地区应纳税款。
因此，这里按照3个权重(营业收入、职工薪酬和资产总额)计算的分摊比例要用到两次。
举例：
某公司总部位于上海市，分别在A、B、C地有3个分公司，公司适用总分公司汇总纳税政策。20*7年度财务报告中，C分公司占3个分公司营业收入、职工薪酬、资产总额的比例分别为：20%、40%、50%。C分公司适用西部大开发15%的税率优惠政策，总机构和其他分支机构税率均为25%。假设2017年总公司应纳税所得额为2亿元，C分公司应分摊的企业所得税款是多少?
第一步：总公司统一计算全部应纳税所得额：20000万元
第二步：划分各公司应纳税所得额：各分公司分摊50%，即应纳税所得额=20000×50%=10000(万元)。
计算C分公司分摊比例。总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额3个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例;3个因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
C分公司分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30=20%×0.35+40%×0.35+50%×0.30+=0.36
计算C分公司的应纳税所得额=10000×0.36=3600(万元)。
第三步：计算不同税率地区的应纳所得税总额
C分公司应纳所得税额=3600×15%=540(万元)。
其他公司应纳所得税额=(20000-3600)×25%=4100(万元)。
应纳所得税总额=540+4100=4640(万元)。
第四步：分摊应纳企业所得税
各分公司分摊50%的应纳企业所得税=4640×50%=2320(万元)。
C分公司分摊应纳企业所得税=2320×0.36=835.2(万元)。
十一、境外分支机构如何缴纳企业所得税?
跨境分支机构与总机构属于统一法律责任主体，分支机构从属于总机构。
在对外经济业务发生中除有特殊规定外，由总机构承担对外法律责任，也即在没有明确的法律规定授权的情形下，分支机构不得进行需要承担法律主体责任的行为(如无授权独立签订协议等)。
国内总分机构可以汇总纳税，也可以独立核算，但是，跨境分支机构有所不同，正常情况下境外分支机构取得的所得，境外当地税务有依据该地与我国的税收协定或者当地税收法律申报纳税的义务，同时作为没有独立法律主体的分支机构，不具有独立纳税地位。
因此，根据《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》(财税〔2009〕125号)规定，国内企业在境外设立不具有独立纳税地位的分支机构取得的各项境外所得，无论是否汇回中国境内，均应计入该企业所属纳税年度的境外应纳税所得额。
同时，准确计算并确定当期实际可抵免的境外所得税税额和抵免限额(根据双方税收协定等规定确定)，并计算申报国内企业的企业所得税。
国内企业从境外取得的所得属于来源于与我国政府订立税收协定(或安排)的国家(地区)，按照该国(地区)税收法律规定，在该国的机构享受了免税或减税待遇，且该免税或减税的数额按照税收协定规定应视同已缴税额在中国的应纳税额中抵免的，该免税或减税数额可作为企业实际缴纳的境外所得税额用于办理税收抵免。
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